В цій місцевості люди мешкали з давніх-давен. Про це свідчать скіфські кургани виявлені поблизу Комарівки.
Комарівка згадується в історичних джерелах з першої половини XVII сторіччя. Зокрема, на незавершеній карті Київського воєводства Гійома Левассера де Боплана, виданій у Варшаві 1652 р, Комарівка вже позначена.
За легендою, козак на ймення Комар, отримав дозвільні документи на заселення вільних ґрунтів у верхній течії р. Смоляжу (так в сиву давнину називалась р. Смолянка). Козак Комар звів тут свій хутір, котрий згодом переріс в село.
В 1663 р. Комарівкою володіє ніжинський полковник Матвій Гвинтівка, після його каденції, село підпорядковується до складу маєтностей Ніжинського магістрату.
У період 1677—1685 р.р нею володів ніжинський полковник Яків Жураховський.
З 1692 р. гетьман Іван Мазепа включив село, до списку Свято — Софійського київської кафедри.
В адміністративному плані Комарівка, увійшла до першої сотні Ніжинського полку, село вважалося власністю монастиря. Таке підпорядкування збережеться, практично, увесь час існування Гетьманщини.
Комарівка в другій половині XVIII — на початку XX сторіччя
За відомостями «Генерального слідства про маєтності Ніжинського полку 1729—1730 рр»
По Гетьманщині Чернігово-сіверські землі у 1781—1796 рр. перебували в складі Чернігівського намісництва. Малоросійська губернія, що прийшла йому на зміну, існувала до 27 лютого 1802 року, згодом буде утворена Чернігівська губернія.
Швидкому зростанню села сприяло вигідне географічне розташування, адже воно стояло на Київсько- Московському поштовому тракті. Він тоді був найважливішим тогочасним шляхом сполучення. Окрім того, дорога із Чернігова на Ніжин та Борзну розходилась в Комарівці.
На 1790 р в селі мешкало 2380 жителів, через 107 років число жителів стрімко збільшилось і на 1897 рік склало 3712 осіб.
Найбагатшою людиною в селі був пан Кониський, власне кажучи, йому належало 1500 десятин землі.
Найдавніша пам’ятка — діюча Свято — Михайлівська церква побудована у 1897 році. Вона збудована на кошти поміщика Кониського.
Під час революції 1905—1907 рр.. в Комарівці відбувся виступ селян, який був придушений каральним загоном, що прибув з Борзни. Багатьох учасників повстання було ув’язнено.
Населення села займалось сільським господарством, промислове виробництво, певно, було винятком із правил. Але говорити, що його не було, то невірно.
В 1910 році латиш Еразм Лукич Аноп збудував перший механічний млин. На цей час в селі діяло 3 цегельні заводи.
Згідно з офіційними радянськими джерелами, радянська влада у Комарівці була тимчасово встановлена наприкінці січня 1918 року, коли більшовицька армія Михайла Муравйова, що прямувала на Київ, захопила село. Однак, після укладення Берестейського миру і звільнення України від більшовицької окупації, упродовж березня-квітня Лівобережна Україна звільнена від комуністів. У роки Гетьмана Павла Скоропадського у навколишніх лісах діяв диверсійний загін Скляренка та Курбацького. У 1920 році в селі створено так званий комнезам — конфліктогенний інструмент комуністичної влади, яка намагалася розпалити майнові конфлікти. Першим головою цієї установи був такий собі К. Д. Онищук.
У 1929 році, під час примусової колективізації, у селі був створений перший колгосп «Хвиля революції» ініціатором створення та головою став одіозний більшовик Лука Савич Харченко.
Згодом через рік, як гриби після дощу, з’явились, ще два колгоспи: «Червоний шлях»(голова — Яків Михайлович Шевлюга) та колгосп «Нове Життя» (голова — Феодосій Овсійович Сухонда). Починається наступ на селян села, ті звісно не хотіли вступати до лав колективних господарств. Ось як про це згадує один із старожилів села: «Узимку 1930 р. прийшли до нас активісти з колгоспу, татко відмовився вступати до нього, вони побили батька, вигнали нас на мороз, хату спалили. Із сараю забрали корову та коня». </ref>
Село постраждало внаслідок голодомору 1932—1933 років, організованого урядом СРСР. Список мешканців Комарівки — жертв комуністичного терору голодом — міститься у Національній книзі пам’яті жертв голодомору в Україні.
Вісімсот комарівців брали участь у Другій світовій війні, п’ятсот з них нагороджені орденами і медалями СРСР, 298 — загинули. Уродженець села, командир піротехнічного взводу лейтенант Іван Устинович Харченко, який врятував зі своїм підрозділом 25 тисяч снарядів і бомб під час нальоту німецької авіації, удостоєний звання Героя Радянського Союзу. В боях за Комарівку загинули смертю хоробрих 49 радянських воїнів. Під час знищення ворожої засідки загинув командир стрілецького батальйону 205-го гвардійського стрілецького полку 70-ї гвардійської стрілецької дивізіїгвардії капітан, Герой Радянського Союзу Ксенофонт Павлович Максін. На братських могилах полеглих воїнів-визволителів у 1970 році в селі споруджено пам’ятник, на честь воїнів-односельців встановлено обеліск Слави.
В 1952 р. у селі знаходилася центральна садиба колгоспу імені Леніна(утворений в результаті об”єднання всіх місцевих колгоспів).
За яким було закріплено 6700 гектарів сільськогосподарських угідь, у тому числі 3839 га орної землі. Це було багатогалузеве господарство, де вирощували зернові культури, картоплю, цукровий буряк, льон, овочі. У тваринництві колгосп спеціалізувався на виробництві свинини. На території села з місцевих підприємств працював цегельний завод, молокодільниця з виробництва казеїну, хлібопекарня.
21 січня 1959 року, траурний день в історії села Комарівки, адже Указом Президії верховної Ради УРСР, Комарівський район ліквідовано, а населені пункти увійшли до інших районів, 4 січня 1965 р. остаточно село увійшло до Борзнянського району.
Розквіт та апогей села пов’язують із головою колгоспу Кучинським М. І.
Власне кажучи, під час його каденції в селі з’явилось асфальтне покриття вулиць та нові господарські будівлі.
До речі, рівень добробуту селян теж невпинно зростає; жителі купують транспортні засоби (автомобілі, мотоцикли велосипеди), а також майже кожна родина має телевізори, радіо.
В наш час, наприкінці 2008 біля Комарівки розпочалося будівництво найбільшого в Євразії тваринницького комплексу.
Станом на 2014 рік, будівництво завершено (комплекс так і залишився не добудований).
В селі розташована середня школа та школа — інтернат І-ІІ ступенів.
Також діє 7 приватних крамниць, будинок культури, бібліотека, дільнича лікарня.
Також працює пекарня (філія фабрики печива «Борзна»).
Епідемія коронавірусу
Докладніше: Пандемія коронавірусної хвороби 2019
Докладніше: Коронавірусна хвороба 2019 в Україні
Докладніше: Коронавірусна хвороба 2019 у Чернігівській області
26 березня 2020 року в області було зареєстровано перший випадок інфікування COVID-19. 29 березня було повідомлено про ще одну підозру на коронавірус в тому ж Борзнянському районі, пізніше найдійшла інформація, що інфіковані із села Ковалівка.
2 квітня кількість хворих зросла до 3. Село на карантині, в’їзд та виїзд контролюють поліцейські.
3 квітня кількість хворих зросла до 6 осіб.
